2016年度澳門科學技術獎勵網上申請已於1月29日結束，紙質申請材料的提交也於2月19日截止。申請期內共收到42項科學技術獎申請，包括：自然科學獎20項、技術發明獎15項、科技進步獎7項；另外，三所本地大學共推薦40位博士研究生及21位碩士研究生申請研究生科技研發獎。
科學技術獎的申請項目中，按照第一主要完成單位分類，包括：高等院校34項、企業6項、醫院2項。上述申請項目共有主要完成人123人。
按照《科學技術獎勵規章》，科學技術發展基金已對申請項目進行形式審查，發現有一個申請者以同一研究項目同時申請技術發明獎及科技進步獎，經與申請者聯繫，該申請者提出取消科技進步獎的申請；此外，有20個項目需補充資料，這些項目皆已在限期內補充資料。因此，最終有41個項目通過形式審查，有關項目的資料已經上載科技基金網頁。
為了爭取時間，科技基金已經根據申請項目的獎種及二級學科進行歸類，將申請項目分成了30個組，並已將相關資料與科技部的國家科學技術獎勵專家庫共享作配對，按每個組7位專家，共需從科技部獲得210位專家。同行評審將於形式審查完成及獲得專家名單後展開。
此外，科技基金也正在籌備於2016年3月22日舉行獎勵評審委員會預備會議，以便評審委員會新成員能瞭解澳門科學技術獎的評審程序及評審標準。獎勵評審委員會的主席爲朱麗蘭，成員包括（排名按姓氏筆劃為序）：周禮杲、徐立之、高思華、崔世平、梅宏、惠永正、楊俊文、劉兆漢、劉炯朗及鍾南山。