溶菌酶Lysozyme在聚四氟乙烯表面的三維構像
【特訊】澳門大學最近在生物芯片發展研究再有突破，成功設計出有效預測蛋白質表面吸附結構的智慧型計算方法，有助研發以蛋白質為配體的生物微型芯片。該研究獲相關領域中最權威的牛津大學出版社期刊《Bioinformatics》刊登。 該項研究由澳大科技學院生物信息學實驗室與模擬與混合信號超大規模集成電路國家重點實驗室進行，成功開發出以智慧型計算為本的算法，解決了蛋白質吸附在固體表面上的三維結構預測中構像取樣的問題。該算法靈感來自於大自然，建基於鳥群覓食的社會行為模式：鳥兒記住見過最多食物的地方，亦透過互相通訊來更新鳥群所知的最佳食物來源，透過這些資訊，他們會反復調整飛行的方向以朝著認為比較可行的地方前進，直到沒有找到更好的食物源為止。 澳大研究員結合上述搜索模式與描述蛋白質表面相互作用能量的函數，建立了一個有效的蛋白質表面吸附結構預測計算機算法。透過優化蛋白質構像的預測，研究員便可從所有可能的表面位置和蛋白質的吸附方向中，搜索出最低能量的蛋白質三維構像。相關程式更與最流行的分子模擬軟件合作無縫（詳見於網站http://cbbio.cis.umac.mo/software/protpos/），使預測的結果可立即用作進一步生物芯片設計中的計算研究。 該項研究由澳大博士生倪載豐進行，助理教授蕭詠然和副教授麥沛然共同指導， 並由澳門大學資助。