審計報告發現，氹仔線3個工程分段於動工後曾多次獲批准延長工期，其中更有獲延長工期超過一倍。審計署從氹仔3個工程分段的延長工期申請中，抽取延期日數較多的里程碑為個案進行探討，當中發現運建辦在延期申請的審批分析工作以及協調管理工作方面存在嚴重缺失。審計署狠批運建辦未有全面履自身職責，導致自己成為工期延後的源頭。而有法不依、有錯不罰，不遵循國際慣常的大型公共工程監控及管理方式行事，令輕軌工程一拖再拖，一錯再錯，工程投資與工期都完全無法控制在當初所批准的計劃內。
審計署表示，輕軌工程的預計完成時間已多次延後，工期延誤是一個問題，但批出太多延期亦是一個問題。基於不可抗力因素(天雨、颱風等)所導致的延期申請只佔非常少數，因此，輕軌是否出現了如此多不可避免的因素需批准延期，審計署提出強烈的質疑。
對於可引致延期的事件，工程業界國際標準重視作出預先警告，及要求承建商於知悉事件後的28日之內作出通報，而工程業界的一般做法可以更為嚴格。至於本澳法例以及輕軌承攬規則亦有相關規定，要求承攬人在知悉事件發生後5日內通知定作人。有關做法有利於掌握當時實際情況避免日後爭拗，亦可即時管控問題避免造成不可逆轉的事實。然而，運建辦對此未有重視，報告揭露一宗個案，因交通指示牌阻礙施工，承建商在超過6個月後才作出通報，最後更發現只需要使用一台較小機器便可解決，可見倘能及早處理絕對可減低對工程進度的影響甚或無需延期。
報告又反映運建辦沒有就延期的分析審批妥善把關，在一宗關於有關橫琴線接駁位欠缺橋墩及底部結構設計的個案中，按推斷影響施工的時間應該大約在2013年4月，但運建辦在未有詳細說明之下，卻批准影響日期由2012年10月開始計算，增加了獲批准延期日數。此外，運建辦的延期分析亦令人質疑有關決定的合理性，當中未有提及發給承建商的警告信所反映的承建商投入人力不足、管理混亂而導致大部分時間均沒有人員施工，工程處於停工狀態等問題。
在前期協調管理方面，在一宗關於被另一項公共工程的臨時辦公室佔據了輕軌施工場地的個案中，運建辦僅在動工4個月後才發公函予有關部門正式要求遷離，最終導致相關的里程碑延誤近一年。而在場地明顯受阻不具條件移交下仍簽署動工筆錄交場，其後又因場地移交問題批准延期申請，反映運建辦在工程動工前未有積極進行協調。
審計署表示，延期申請管控機制問題沉積己久，雖非源自於運建辦，但已為澳門公共工程帶來嚴重的影響。過往工務部門曾公開表示本澳公共工程並不流行「罰文化」，並承認沒有執緊程序是不好的文化。在這種習非成是的歷史因素下，作為罰款基準的把關──延期申請管控機制，從今次番計發現所見，的確難以獲得應有的重視，而這也是輕軌工期延後問題的其中一個重要原因。至於沒有做好基本協調管理工作而導致自己成為工期延後的源頭，則反映運建辦未有全面履行自身職責。
審計署批評，運建辦以不嚴謹、不積極的方式協調工程，怎麽可能會推動監理公司嚴格審查相關日數並協助構想不同施工計劃及方案以節省時間？正因為從協調部門開始一環扣一環的失誤、延期、有法不依、有錯不罰，不遵循國際慣常的大型公共工程監控及管理方式行事，令輕軌工程一拖再拖，一錯再錯，工程投資與工期都完全無法控制在當初所批准的計劃內。