審計報告表示，輕軌系統工程一拖再拖，一錯再錯，工程投資與工期都完全無法控制在當初所批准的計劃內。輕軌系統有否紓解交通擠塞的成效以及經濟效益都值得深入研究。運建辦主導超過十年的輕軌工程投資金額不斷增加，工期不斷延長，管理成效不彰，未來要花費多少人力物力至今仍未能明確公佈，基於欠缺全面客觀的計價過程和開支預算，以致難分析建設輕軌是否物有所值。
審計報告指出，將營運的氹仔線總共投入約108億澳門元建設費，當中作為「基本消費」的車廠、行車系統、車卡(考慮到目前車卡承載量已遠超氹仔線客量)等合共約56億澳門元，並投入約13萬平方米的土地資源。至於11個車站及路軌建設則約52億澳門元，平均每個站約5億澳門元。至於每年平均超過9億澳門元的營運與維護費用，當中多少是「固定消費」，多少是因應營運量的增加而需加馬上增加，現階段是不得而知的。以運建辦目前所制定的方案，輕軌的效益確實存在一些值得深入研究的問題︰
 
按目前規劃，短期路線預計在2026年前完成，中期路線的興建則遙遙無期。值得注意的是，按照估算人流最多的區域最多應是原第一期澳門線。如果輕軌系統是以紓解交通擠塞為首要目標，運建辦為何會將人流最多，最能夠產生協同效應的原第一期澳門線，大幅向後延？而運建辦至今亦從未對外公佈東線是經第四條踦海通道或是另建一條跨海通道，故其不確定性亦是否會太大？此外，若說原第一期澳門線路線的重新規劃設計存在較大的難度，但構成有關難度的因素理論上不會隨著時間而流逝而消失，甚至情況有機會變得更複雜。
此外，關於內港線的施工可行性，也是值得注意的問題。考慮到計劃中的防洪措施建設，且內港一帶地理位置狹窄，所規劃的內港線是否具備技術可行性，現在是否已經具備可行的技術方案？將來有可能採取的技術方案，其造價會否非常高昂？這一系列問題倘若未經過科學論證，日後是會令庫房付出高昂代價的。
在另一方面，既然決定大幅延後原第一期澳門線的興建，為何決定馬上興建媽閣站？按運建辦現時規劃，從媽閣站連往澳門半島其他地方的路線，目前還是完工無期，可以預見在未來多年，乘客以輕軌從氹仔到媽閣後，只能轉乘其他交通工具。目前媽閣往下環、沙梨頭方向，往南灣方向等，均經常出現塞車，市民可從離島直接前往目的地，而無需到媽閣轉乘，徒添路面擠塞。由於可見，媽閣站的客流量有可能被高估，這樣的安排可帶來的經濟效益亦相當有限。再進一步分析，若內港線的建設方案存在較大變數，如令運建辦已決定先行媽閣站，將來路軌的接駁上是否已具備全面可行的方案？媽閣站接駁澳門半島其他地區的路線造價是否已經過詳盡的論證和合理的預算？
審計署批評，由於運建辦一直沒有堅定地貫徹執行推動輕軌工程的職責，其整體計劃便不時因應不同階段的社會需求而作出調整，令自身陷於被動，也令更改路線方案的討論沒完沒了。在另一方面，運建辦對輕軌工程的整體計劃及主要訊息如規劃設十、審批程序、工程招投標、設備材料採購、工程施工、設計變更、價款結算、竣工驗收、運營維修管理等都只以零散的方式公佈，甚至在出了問題之後才被動地談及，欠缺全面準確的主動發佈訊息機制，令社會各界對於這項長期佔用路面的公共工程感到難以理解，無所適從，缺乏信心。
審計署表示，經過四次跟蹤審計所反映的情況，特區政府在2007年提出輕軌造價42億澳門元，歷經多年，因種種未如理想的工作安排而影響工程進度，運建辦至今仍無法明確計算出整體工程造價，且傾向以「邊做邊改」、「判給後才公佈造價」的方式，製告「從來無講過起輕軌用幾錢」、「沒有超支」的表面現象，長期逃避交代整體計劃的詳情，結果令輕軌工程脫離了成本管控的合理範圍。事實上這項由運建辦主導超過十年的工程投資金額不斷增加，工期不斷延長，管理成效不彰，未來要花費多少人力物力至今仍未能明確公佈，基於欠缺全面客觀的計價過程和開支預算，致使無論是公眾還是決策者都難分析建設輕軌是否物有所值。
在輕軌系統邁向下一階段之際，把握最好的時機，進行中期檢討，參考國際大型工程行為有效的方法計算出造價，負責任地做好整體規劃，為輕軌工程的未來跟進方式及科學決策提供更全面的資料和理據，開誠佈公地解釋社會各界提出的質疑和憂慮，切實吸取教訓，為下一階段的工作制定合乎常理的計劃，並追回配合特區整體交通政策的進度。此外，所有工務部門都應該以輕軌工程所出現的各種問題為借鑒，認真檢視公共工程的不足，杜絕類似問題再發生，挽回公眾的信心。