廉政公署完成有關青洲山地段的調查，認為沒有足夠的跡象或證據推翻物業登記所確立的業權以及地籍圖所劃定的土地範圍及面積，但對於青洲山地段的保育及規劃，廉署批評，政府專責部門未有嚴格遵守《文化遺產保護法》及《城市規劃法》的相關規定。
廉署在調查報告中指出，工務局因應文遺法生效及青洲山被評定為具文化遺產價值的場所，認為「青洲都市化整治計劃」已不符合實況，於2014年8月啟動修改，但工務局的修訂既未公開諮詢，也未依法對外正式公佈。
城規會上月通過多個規劃條件圖，其中包括在54.5米高的青洲山的山腳擬建最高50米大廈，當時多名委員有關項目將影響景觀、周邊環境以及空氣流通等。而工務局稱，該規劃條件圖草案是根據2010年青洲都市化整治計劃的基礎上編制。文化局則稱，有關限高無損預留景觀。
廉署在今次的報告中批評，工務局在未完成「青洲都市化整治計劃」的修訂就批出青洲山地段建築項目的規劃條件圖，違反《城市規劃法》規定，這種未檢討規劃先批准項目的做法不僅本末倒置，難免令人產生「偷步」的質疑，而且會導致規劃的效力大打折扣，不符合「合法性原則」。
另外，關於社會各界關注的青洲山的保育問題，據廉署掌握的資料顯示，文化局曾於2017年10月去函地段業權人滙新發展有限公司，指修道院的建築缺乏維修保養，要求該公司儘快展開修復及保養工程。其後，文化局應業權人的要求提供了修道院的設計圖紙、建築材質等資訊，但直至現時為止，修道院的維修工程仍未展開，甚至連工程准照的申請仍未遞交。
按照《文化遺產保護法》第39條的規定，被評定的不動產的所有權人應實施文化局經查驗後認為對保護該等不動產屬必要的工程，如工程未能依期開展或完成，文化局可按現行法例的規定促成強制實施，有關費用由所有權人承擔。廉署認為，既然法律已賦予文化局充足及有效的手段，文化局便應積極推動以至實施相關的修復工程，切實承擔起保護文化遺產的法定義務，而不能任由青洲山以及修道院等建築繼續處於雜亂無章、殘破不堪的狀態。
另外，廉署在調查報告中羅列多項資料，包括無證據證明當年聖若瑟修院購買青洲山土地的公證書，以及後來的物業登記存在偽造或虛假的情況。同時有文件顯示澳葡政府為在青洲山興建軍事設施，曾與澳門教區磋商並簽訂租約，承認聖若瑟修院對青洲山土地具有業權人的資格。