澳門自開放自由行後，每日都有數以十萬的遊客和本地居民進出澳門，隨著人流進出澳門必然會有大量物件需要報關清關，但當中也不乏涉及未報關的物件，即我們常說的「走私」，而負責打擊這些違法行為則是海關的責任。
澳門海關的成立可追溯到1822年的港務局，其後又成立港口警察、海事警察等相關部門，在1868年易名為澳門港口警察，隸屬於港務局局長，後來當局又將港口警察及稽查警察合併而成為水警稽查隊，這便是澳門海關的前身，直至在回歸後，水警稽查隊易名為水警稽查局，特區政府也於2001年11月1日撤銷水警稽查局，正式成立中華人民共和國澳門特別行政區海關，每年11月6日為紀念日，亦即海關日。海關關長由澳門行政長官提名，報請中央任命，受保安司監督。海關行使水警稽查隊全部職能，亦行使經濟局（打擊侵權）及勞工事務局（打擊黑工）部分職能。海關主要職責包括預防、打擊和遏止關務欺詐行為；致力預防和遏止不法販運活動；配合對外貿易活動的監管工作，並為發展對外貿易活動作出貢獻，以維護澳門特別行政區在國際上的信譽；根據法例，確保對知識產權的保護；致力履行澳門特別行政區在海關範疇內承擔的國際義務；致力保護人身和財產安全，妥善執行澳門特別行政區的內部保安政策；參與澳門特別行政區的民防工作，並在緊急情況中參與行動。
海關的編輯由關長、副關長、助理關長、關務總長、副關務總長、關務監督、副關務監督、關務督察、副關務督察、首席關員、一等關員、關員，2001年成立時，編制人員約1200名，至2013年編制人員也增加到1660名。
目前海關在全澳設有澳門海關總部、內港海關站、海上監察廳、澳門海關巡邏站、珠澳跨境工業區海關站、關閘海關站、外港海關站、氹仔客運碼頭海關站、澳門國際機場海關站、路環九澳港海關站 (九澳) 、海島海關巡邏站、路氹新城海關站、港珠澳大橋澳門海關站等海關設施。除了關閘、內港、外港、機場等口岸監察廳，海關還設有行動管理廳、知識產權廳、海事監察廳、資訊通訊廳以及行政財政廳等執法部門。此外，海關還設有行政委員會、內部審查辦公室、紀律委員會、技術顧問辦公室、紀律及法律輔助處以及海關培訓中心等相關部門。