不過，佩里離開了日本三年後，於1854 年2 月13 日，佩里再次率領艦隊來到日本，他上次是探路，今次是有備而來，除了艦隊比上次多了三艘艦艇外，還帶備了翻譯和美中在澳門簽訂的《望廈條約》內容，而軍艦不是在橫須賀停留，而是直接北上深入江戶灣，在當時叫作「神奈川灣」的水域下錨。佩里向日本提出，要求對他當年帶來的美國總統書信給予明確的答覆。
佩里的這次動作比上一次更加震撼日本，據《現代日本政治史》描述當時日本幕府大驚，認為此次美國軍艦直插日本的政治地域心臟，如果談判一旦破裂，江戶城將在美國人的大炮之下，化為煙塵。有錢戶紛紛離開江戶避走可能即將發生的戰難，不少平民逃到神廟敲鐘祈禱「神風」再起，驅走入侵的外國軍艦。
幕府在無奈之下，同意在一個僅有一百來人的小漁村橫濱進行正式談判，由當
時作英中口語翻譯的美國傳教士衛三畏（Samuel Wells Williams）稱：「手持火銃的（美國）士兵列隊緊湊，進行操練；圍著襯裙、穿著木屐、佩戴兩柄劍的士兵（日本武士），所有人都亂哄哄的，跟烏合之眾一樣」。可見當時的美日談判實力之懸殊。
由於美國方面沒有一個人懂日本語，故雙方並非「談」，而是「寫」來溝通。經過上次的經驗，佩里知道雙方語言不通，於是特別找來一名懂英語和荷蘭語、一名英語和中國口語（衛三畏）和一名叫羅森的廣東人來協助溝通。佩里向日本官員溝通，以間接的方式進行，就是由衛三畏將佩里的說話翻譯成中文口語告訴羅森，由羅森用筆寫下中文意思給日本的官員看，反之亦然。
美日談判在雙方都戒備森嚴下，持續了將近一個月，正式會談四次，談判地點也更改了一次。1854年3月31日，美國與日本正式簽訂了《日本國米利堅合眾國和親條約》（又稱為《神奈川條約》）。條約規定了漂流民的救助、引渡，
日本同意開放下田、箱館等港口，美國還可以派領事駐下田等等。日本在條約簽訂後正式打開國門，全面西化。佩里在條約簽訂後，於美艦上舉行了盛大招待宴會，並向幕府大將軍贈送了火車模型、電報機、照相機等禮品，而幕府卻只能將大米作為回贈，將一包包日本大米搬滿了船艙。從美日兩國交換的禮品可見，一個現代工業化國家和一個落後農業國家的經濟差異。
佩里代表美國和日本簽完條約後，在日本進行了觀光，之後返回美國，就埋首為今次航程的所見所聞寫著作。他於1857年12月28日為《日本遠征記》著作完稿，在翌年3月4日卸任海軍軍職，2日後，佩里因為風濕熱而去世，終年63歲。
日本為了紀念佩里帶領「黑船」到來，令到日本開國和西方先進國家接軌，從而走上強國的道路，於佩里首先登陸的地方神奈川縣橫須賀市的久里濱，設立了一座佩里公園，上有前日本首相伊藤博文的親筆手書：「北米合衆國水師提督伯理上陸記念碑」。另外，日本每年都有由民間組織在佩里公園裡舉行開國紀念活動的「黑船祭」，向當年的「入侵者」作英雄式的祟拜，對別國而言是比較罕見的。
（本系列待續）

本欄上期講到佩里領四艘軍艦，當中包括當時最高科技兩艘蒸氣動力軍艦到達日本的浦賀（今神奈川縣橫須賀市）港口，由於該地理位置極近日本幕府政權所在地江戶，而且美軍所展示的海軍，更是日本從來沒有見過如此科技先進。美軍的到來對日本的幕府來講無疑是兵臨城下，事件震驚了幕府。佩里要求向幕府提交國書，要求和日本通商。日本稱此次事件為「黑船來航」幕府在提心吊膽下派人接收了佩里的國書，並著令要求佩里離開橫須賀到大阪。最令幕府出其不意的是佩里竟沒有去大阪（可能當時佩里根本聽不明日本人說甚麼，故不知要他的艦隊去大阪），而是完全離開了日本的海域，幕府才鬆了一口氣。
佩里和日本官員在橫濱談判時景象（互聯網圖片）

日本記錄美國軍艦的資料文件（互聯網圖片）