上期講到清政府在鴉片戰爭後被迫簽訂《南京條約》，實施「五口通商」，廣州也因此對外貿易的獨特地位，居於全國外貿中心的地位逐漸喪失。自1845年後，廣州港進出口貨物總值不斷降低，從咸豐三年開始，英國對華貿易已大部分轉向上海，廣州港在外貿上的中心地位，已為上海港所取代。香港被割讓給英國後辟為自由港，逐漸代替廣州成為貨物的集散地。
此外，由於《南京條約》取消了外商只能和十三行貿易的規定，進出口貿易的實際經營權逐漸為外國在廣州的洋行所控制，廣州港的外貿自主權逐步喪失。自《南京條約》簽訂後，清政府除了要應付外患，內憂也開始出現。1854年6月10日廣東天地會首領何祿在東莞石龍墟起義，7月5日，廣東天地會首領陳開在佛山起義，自稱「紅巾軍」，號召「反清復明」。紅巾軍於7月20日率會眾10余萬攻打廣州，圍城歷時10月。後守城清軍在香港總督支援下擊退了紅巾軍。
當然「有危自然有機」，正正是外國列強「打開」清政府大門，引進西洋先進產物。1855年（咸豐五年），廣東航商受傳入外國蒸汽船吸引，率先購買美國造「威拉特」 、「星火」、「金髮」三艘輪船，懸掛美國旗航行於省河（珠江廣州地區河段）一帶營運，史稱「詭寄」經營。
1856年10月，廣東水師接獲告發在廣州檢查一艘名為「亞羅號」的商船，逮捕了懷疑與海盜有關的12名水手。由於亞羅號曾在香港註冊，英國駐廣州領事巴夏禮不顧其香港執照已過期，英方硬說「亞羅號」是英國船，清水師未經知會登船捉人是「擅捕」；船上掛有英國國旗，清朝兵弁「扯旗」是對英國的「侮辱」，葉名琛巴夏禮所控之事一概否定。但巴夏禮其後向兩廣總督葉名琛發出四十八小時的最後通牒，要求交還全部被押水手、書面道歉並「保證將來英國國旗受到尊重」，逾期即由海軍當局「佔據並扣押一隻皇家的帆船」作為「強迫要求賠償」的必要手段。經交涉後，葉名琛被迫答應釋放全部水手，但英方拒絕接受，開始炮轟廣州城，廣州海關停止貿易。英軍迅速佔領了城南沿江各炮台，並一度攻入廣州內城，但最後撤軍。12月，十三行遭焚毀。1857年12月，英法聯軍攻入廣州城，兩廣總督葉名琛被擄走。廣東巡撫柏貴擅自接受由巴夏禮、哈羅威、修萊等組成的委員會負責廣州治安的要求。
直到1858年7月，廣東民團局進攻廣州城，但被英國炮兵擊退。1861年10月，英軍方依《中英北京條約》撤出廣州。