話說香港海岸線漫長，商貿上到明朝時已漸漸蓬勃起來，人口亦有所增長，更成為海防要地。當時，明代在這裏設防，主要是為了防禦南中國海一帶的海盜、日本江戶幕府來的「倭寇」、葡萄牙王國、西班牙帝國及荷蘭的侵略者。
當然，香港自古已經扮演中西交流的重要角色。話說在156年，現今的葡萄牙還叫「佛朗機」，一名船長叫費爾南·佩雷茲·德·安德拉德從佛朗機率船隊前往中國，並於翌年8月15日抵珠江口與明朝廣東地方官員接洽，是為葡萄牙和明朝的第一次官方接觸。事實上，早於1514年葡萄牙已派船隊抵達並佔領屯門，控制香港地區的屯門和后海灣達七年，並於當地立石柱，刻葡萄牙國徽於其上，以示佔領。明軍於1521年向葡萄牙開戰，史稱屯門海戰，戰役持續40日，葡軍陷入苦戰，最終狼狽返回馬六甲。翌年4月，葡軍再派出由六艘軍艦組成的艦隊企圖重新佔領屯門，8月兩軍在大奚山茜草灣附近對峙。此戰從茜草灣海面一直打到哨州海面，最後明軍大獲全勝。
另據相關史料，香港島的名稱最早是見於明神宗萬曆年間（1573年至1619年）郭棐所著《粵大記》一書。該書所載的《廣東沿海圖》中，標有香港以及赤柱、黃泥涌、尖沙咀等地名。
此外，香港在明朝時盛產及出口香木。這種香木屬於莞香，又名女兒香，當年在廣東、南直隸、浙江等地備受歡迎。據說，「香港」的名稱的由來就是因為香木的盛產和出口，因此有「香港」（運送香料的港口）之名。而明朝是香港種香及產香業的全盛時期。從香港的瀝源（今沙田），大奚山（今大嶼山）沙螺灣等地生產的香樹製品皆用木箱裝好，會經陸路運至尖沙頭（今尖沙咀）的碼頭，用小艇送到石排灣（今香港仔），再用俗稱「大眼雞」的艚船運至廣州，遁陸路經南雄，越大庾嶺，過贛江至九江府，沿長江送往送往蘇杭銷售。