香港自開埠後，經濟日益增長，因此在1931年起，隨著日本佔領中國東北三省，香港更開始面對日本的威脅，使英軍考慮加強對香港的防衛。而當時全球經濟大蕭條及銀本位貨幣制度受到衝擊，都對香港經濟構成一定影響。1937年中國抗日戰爭正式爆發，除了使大量難民湧入香港，更代表日軍的威脅更接近一步。
日軍在大亞灣登陸，並迅速攻佔廣州及鄰近地區，之後南下至深圳河北岸，與英軍為界。
日軍在偷襲珍珠港當日，即1941年香港時間12月8日早上，由酒井隆指揮的日軍從寶安進攻香港。負責防守香港的包括有英國、加拿大、印度士兵和香港義勇軍。日軍不單有數量上的優勢，而且在開戰的首日便取得制空權。英軍和印軍撤退到醉酒灣防線，然後撤出九龍半島。英軍和渡海後的日軍繼續激戰。最終英軍失去唯一的水庫。因此，港督楊慕琦於同年12月25日代表英國殖民地官員向當時總部設於九龍半島酒店三樓的日軍投降，香港人稱這一日為黑色聖誕節。香港經歷三年零八個月的日本佔領時期。
日軍隨即成立軍政廳，由酒井隆出任最高長官，直至磯谷廉介抵任首位管治香港的日本總督。日軍佔領的中期，更有香港居民參與東江游擊隊，在新界等地方對抗日軍。
日佔時期，香港在經濟、民生等方面皆受摧折。經濟上，日軍強迫香港市民以港幣及法幣（國民政府貨幣）兌換日本軍票，戰後所有的軍票都不獲承認而變成廢紙。戰時與中國大陸的貿易大幅下降，香港的經濟陷入低谷。日本又在香港實行皇民教育，除了禁止使用英語及強迫使用日語，香港的街道地區名稱亦被改成日文。由於食品及其他物資嚴重不足，加上日軍在香港實行疏散政策，鼓勵或強迫市民離開香港，戰後香港的居民人數大減至60萬左右。
雖香港在第二次世界大戰損失慘重，但日本投降後，因國共內戰，數以萬計的人從大陸逃難到香港。香港人口由1947年的180萬，增加至1951年的220萬。此後的三十年，香港爆發逃港潮，大批以廣東人為主的中國大陸居民越境到香港，香港人口以每十年一百萬的速度增長。大量移民為香港後期發展提供了廉價勞動力，亦有不少外國公司在香港開立公司。華人資本家主要集中在東南亞，但1950-1980年代，東南亞排華，他們紛紛將資金轉移至香港以及新加坡，兩地經濟同時急速起飛。1950年爆發的韓戰使聯合國對新中國實施禁運，香港原先依賴的轉口港貿易不能再維持。這些都為香港經濟轉型為工業迅速發展創造條件，使香港搖身一變成為製造業中心，初時以紡織業為主，其後擴展至成衣、電子製品、鐘錶及印刷等。
（本系列待續）