隨著亞洲區的新冠肺炎疫情緩和，各地政府逐步放寬經濟活動及出入境政策，區內航空公司有限度恢復航班。八月下旬，考慮到國內所有地區均被列為低風險地區，澳門特別行政區的疫情持續和緩，內地居民自由行逐步恢復，珠海居民於八月十二日、廣東省居民於八月二十六日恢復申辦赴澳簽註。
在內地與澳門疫情形勢繼續總體向好的前提下，全國公安機關出入境管理部門將於九月二十三日起全面恢復辦理內地居民赴澳門旅遊簽注。澳門國際機場與澳門相關當局共同商討恢復理內地居民赴澳門旅遊簽注後的航班和旅客管理安排，根據特區政府和國際民用航空組織的衛生指引，在機場做好分流和物理分隔措施，儘量分開從比較高風險地區來澳的旅客。八月二十日，澳門國際機場專營股份有限公司執行委員會主席鄧軍一行分別拜訪了中國民用航空華東地區管理局局長蔣懷宇和華東空管局局長于波，對以上海為主的華東口岸聯防聯控機制和澳門航班管理進行了交流。雙方亦商討了就機場監視CNS進行評估和檢測，由華東空管局提供人員技術支援，切合實際情況決定系統升級更新的安排，以保障空中交通管制部門對澳門國際機場所轄空域內飛行的航班和其他各類飛行的安全管理能力，維持澳門國際機場航空或航班資訊服務效率。
隨著澳門和內地疫情防控形勢持續向好，工商業和經濟的復甦，人員往來交流的需求逐步增加。為回應澳門特區政府推出的「擴客源、興經濟、保就業」計劃，澳門航空從九月三十日起將進一步增加整體航班投入數量，每週投入內地航班二百三十個班次，環比九月增加一百七十六班次，增幅為326%。九月二十三日起，澳門航空還將增加八個內地航點，分別是天津、太原、鄭州、青島、寧波、溫州、重慶及貴陽，並加密包括北京、上海等九個航點的航班頻次。
另外，天津機場計劃於九月二十三日起恢復執行天津至澳門往返航線。該航班國慶期間班期為每日一班，隨後班期為每週一三五日。機型為空客320系列，澳門航空所有飛機都具有HEPA空氣過濾系統，確保飛行過程中的空氣清潔。
為了保障赴澳門內地旅客的安全，中央政府與澳門特區政府制定了嚴密的恢復計劃，所有赴澳門旅客均需要持有七日內的核酸檢測陰性證明，外國人及十四天內曾到過外國的中國人禁止入境澳門，同時暫停了澳門機場的中轉服務。澳門航空亦會嚴格遵循澳門特區政府及天津市防疫部門的防疫指引，確保承運旅客及機組人員的健康。
隨著內地重開赴澳自由行政策，澳門航空早前調飛至北京停放維護的五架飛機，已於八月十五日飛返澳門，滿足未來兩地居民旅行需求。澳航指出，受新冠疫情影響，澳航部分航線停飛。考慮到澳門機場臨海，恐含鹽份的高濕度空氣，或對飛機造成腐蝕，為此把五架飛機（包括四架A321機型：融和號、祥和號、繁榮號及呈祥號，一架A320機型：東望洋號）調飛至北京大興機場停放維護。
隨著防疫形勢日趨向好，內地居民赴澳自由行政策逐步重啟，澳航已開始恢復部分內地航線。八月十五日指派機組人員把五架飛機從北京大興機場接回澳門，保證航線正常運行，滿足居民及內地旅客往返澳門的旅行需求。另外，澳航機隊最後一架A319飛機於八月十日前往英國威爾士退租。自此，澳航機隊構成為六架A320、十架A321、四架A320NEO及一架A321NEO。平均機齡降至六點一二年。
澳門特別行政區防控疫情工作出色，早在七月份的澳門航空航班時間表，除內地航點外，還恢復了東京、首爾、曼谷、高雄航點，每周一班；台北增至每日兩班。澳門來往北京、上海、杭州、南京、成都、廈門、南寧等航班，基本維持六月的航班安排，取消潮汕揭陽航班。
七月八日下午二時十三分，澳門航空NX226航班由澳門飛抵杭州蕭山國際機場。這是杭州機場受疫情影響國際地區定期客運航班停運三個多月以來，第一個恢復的國際地區客運航班。下午三時四十三分，NX225航班從杭州起飛，前往澳門。復航初期，杭州-澳門NX225/6航班，每週三往返一趟。
台灣航線方面，澳門往台北恢復至每日兩班，台北往澳門則為每日三班，澳門往返高雄則為每周一班，逢周二出發。國際航線方面，日本東京往澳門恢復每周一班，逢周四出發；澳門往返韓國首爾每周六各一個往返航班；曼谷往澳門則為每周六出發。