聖辣菲醫院俗稱白馬行醫院，由1569 年天主教澳門教區首任主教賈耐勞倡建仁慈堂時，建議建設一所設備較完善的醫院，以救治澳門及到澳門的海員病患。
澳門華人對一些進行宗教儀式的建築物一般統稱為廟，仁慈堂和聖辣菲醫院落成時，其建築物都有天主教宗教的祭壇，天主教會象徵的十字架，所以當時的華人居民就將仁慈堂和聖辣菲醫院都稱為廟，其中仁慈堂和聖辣菲醫院職員的薪酬，都在仁慈堂內發放，故仁慈堂被稱為支糧廟，醫病人的聖辣菲醫院就稱為醫人廟。
倡議興建聖辣菲醫院的天主教澳門教區首任主教賈耐勞在1516年出生於葡萄牙科英布拉市，1543年3月14日成為耶穌會士並於同年4月25日晉鐸，1551年擔任耶穌會於埃武拉學院(埃武拉大學前身)的第一任校長。1565年9月賈耐勞應教宗請求前往澳門管理教務，並負責在中國和日本進行傳教工作。到達澳門前曾於馬六甲停留一段時間，於1568年抵達澳門後翌年就創立了聖辣菲醫院，同時接收天主教徒及非教徒病人。另外在賈耐勞的倡議下創立澳門第一間歐洲慈善機構仁慈堂和亞洲第一間西式醫院聖辣菲醫院，同時也在當時位處城郊的望德聖母堂隔壁開設麻瘋病院去照顧麻瘋病人。1577年，賈耐勞獲委任成為非洲北部的衣索比亞的宗主教，但他從未到達衣索比亞任職，而是一直留在澳門工作，4年後，他辭去所有教務，居於聖安多尼堂側的耶穌會宿舍。1583年8月19日賈耐勞離世，享年67歲，葬於聖保祿教堂，後移骨殖於大堂安放。
聖辣菲醫院建立初期，率先建了一小聖堂，主要為教徒可以一邊接受治療，一邊祈禱崇拜，及後才建成規模細小的醫院。由於醫院內的醫生也是穿著長袍的教士，而且所治的病人主要在澳門的葡萄牙人或到澳門貿易的葡萄牙商船船員，不明就裡的華人居民都不敢登門求醫。直到經過一段長時間觀察，對教會和醫院多了解了，才放下戒心去求醫，之後華人求病者陸續增加。至1834年，聖辣菲醫院正式改為市民醫院，向所有人士提供醫療服務。
聖辣菲醫院的建築經過數次改建，才變成如今的模樣。醫院當時的三角形門上豎立了賈尼勞主教的半身像，到了1960年之後，醫院一樓大堂的小教堂被移上二樓，半身像亦隨之而移到二樓洋台處。到了在二十世紀中期，澳門興建了山頂醫院和鏡湖醫院，令到聖辣菲醫院的重要性大大降低，於是在1975年，聖辣菲醫院結業，合共經歷406年。聖辣菲醫院結業後，大樓空置了多年，並曾經用作收容難民，及後澳葡政府收購醫院舊址並作為澳門貨幣匯兌監理處辦公地點。1999年澳門回歸前，前葡萄牙駐澳門領事館改為葡萄牙駐澳門領事官邸，而聖辣菲醫院現址就正式改為葡萄牙駐澳門領事館，其後在2004年升格為兼理香港事務的領事館。聖辣菲醫院是個歷史建築物，但由於是領事館故僅為有需要領事服務的人士開放，一般公眾只能透過領事館鐵閘，拍攝領事館外貌。

聖辣菲醫院內情況（互聯網圖片）
位於白馬行馬路近水坑尾一端，有一座極具南歐氣息的新古典主義建築風格的建築物，現時是葡萄牙駐澳門及香港總領事館，而它的前身是一所醫院，而且是中國、甚至是亞洲第一間西式醫院－聖辣菲醫院Hospital de S.Rafael。

聖辣菲醫院舊貌（互聯網圖片）