起初，督輔史可法擔心高傑蠻橫無理，難以制服，所以讓黃得功駐軍儀真，暗中牽制高傑的勢力。恰好登萊總兵黃蜚即將前去上任。黃蜚與黃得功同姓，以兄弟相稱，所以他給黃得功寫信請為他派些兵防備意外。

黃得功率領三百名騎兵從揚州出發到高郵迎接他，高傑的副將胡茂楨飛馬向高傑做了匯報。高傑一向忌恨得功，又懷疑他要算計自己。於是在途中埋伏了精兵阻擊他們。黃得功走到土橋正準備埋鍋造飯，高傑的伏兵出其不意地打來，黃得功上馬拿著鐵鞭準備戰鬥，飛來的箭像下雨一樣密集，黃得功的馬跌倒在地，他騎上別人的馬跑開了。有一名勇猛的騎兵揮舞著大槊向得功衝來，黃得功大呼一聲回頭來戰，抓住他的大槊往懷裡一拉，就把他連人帶馬一起拉倒在地。又殺了幾十個人，然後翻身跳進廢牆裡邊，他吼叫的聲音如雷鳴電閃，追趕他的人不敢上前來了，於是他騎馬飛奔，回到大部隊中。這邊正在戰鬥時，高傑又派了兵暗中去攻打儀真，黃得功的士兵損傷得比較嚴重。

而與他一同前往高郵的三百騎兵都戰死了。於是黃得功向朝廷做了上訴，並表示願意同高傑決一死戰。可法派監軍萬元吉前往替他們和解，得功不同意。恰好此時得功母親去世，史可法來弔喪，對他說：「土橋那一仗，不管聰明人還是愚蠢人都知道是高傑不對。現在將軍因為國家的緣故壓住心中的火氣，讓高傑背著罪名，這正是將軍在天下獲取大名的時候啊！」黃得功臉色漸漸地溫和了一些，終究還是因為自己人被殺死得太多而感到惱恨。史可法命令高傑賠償他的戰馬，又拿出一千兩銀子作為得功母親辦喪事的費用。黃得功沒有辦法，只好聽從了史可法的調解。弘光元年（1645年），高傑想進兵河南，謀劃收復中原。朝廷詔令得功同劉良佐把守邳、徐兩地。不久，河南總兵許定國在河南睢州袁可立府第以歌姬美酒宴殺南明大將高傑。高傑死後，黃得功回到了儀真。高傑一家人和他的將士還留在揚州，黃得功想襲擊他們。朝廷趕忙派遣盧九德去指示他停止報復，黃得功於是移駐廬州。

四月，左良玉舉兵東來，以清君側名義造反，船行到九江就病死了，他的軍隊擁立了他的兒子左夢庚。朝廷命令得功趕快到上江抵禦他們，駐軍荻港。黃得功在銅陵打敗了左夢庚，解除了他們的包圍。在這場戰役中，黃得功身中三箭，弘光朝廷聽聞捷報，加封其為太傅，並派遣太監王肇基慰勞。後來朝廷又命令他攜家遷到太平鎮守，專門辦理剿賊的事務，評定功績加封他為左柱國，進爵為靖國公。