文化局的組織和運作主要由現行的第63/94/M號法令規範，為配合澳門特區文化事業的發展，以及理順公共行政架構職能的工作，特別是將原屬民政總署文化職能、相關人員及設施併入文化局，特區政府制訂了《文化局的組織及運作》行政法規草案。

草案的主要內容如下：
第一，草案建議加強文化局的職責，如確保澳門特別行政區文化領域及保護文化遺產的相關法規有效貫徹、落實和執行；鼓勵市民，尤其兒童及青少年發揮創意思維，以及推行文化普及、藝術教育和創作；規劃、建議設置文化設施，並負責管理有關設施。

第二，根據職能和職責的調整，草案建議，文化局維持由一名局長領導、兩名副局長輔助，並設八個級廳和十六個處級單位。

（一）文化遺產廳（原“文化財產廳”），下設文化遺產保護處和研究及計劃處。鑑於《文化遺產保護法》的生效和文化遺產委員會的成立，為配合相關工作，草案建議，文化遺產廳新設兩個處級單位，其中文化遺產保護處按《文化遺產保護法》的規定處理被評定和待評定的不動產的修葺、保養、活化等方面的保護工作；研究及計劃處負責研究物質文化遺產、非物質文化遺產及具文化價值的財產的價值，建議評定具文化價值的動產及不動產以及擬訂、更新澳門特別行政區的考古遺產清單及非物質文化遺產清單。

（二）文化創意產業促進廳，下設文創規劃及發展處。為推動文創產業發展，草案建議新設文創規劃及發展處，該處將協助制定扶持文化創意產業發展的政策、策略、措施，負責規劃、再利用文化局轄下的文化資源，以及開展和跟進文創產業區域合作項目。

（三）公共圖書館管理廳（原“澳門中央圖書館”），下設圖書資源發展處和讀者服務及推廣處（兩處整合原“中文圖書組”及“澳門暨總書庫組”的相關職權）。

（四）新設組織及行政財政管理廳，下設組織及資訊處（原“資訊組”）、財政及財產處、人力資源及行政處（兩處整合原“人力資源、文書處理暨檔案科”、“會計暨物力資源科”、“文化基金輔助科”等附屬單位的相關職權）。

（五）演藝發展廳（原“文化活動廳”），下設文娛活動處（原民政總署“文娛康體處”）、演藝活動處（原民政總署“文化活動處”）及澳門文化中心。
（六）文博廳（取代原“澳門博物館”的職權，澳門博物館改為文博廳轄下的處級單位，原澳門博物館轄下的“研究、文獻暨宣傳處”則被撤銷），下設澳門博物館（併合原民政總署的“文化設施處”）、澳門藝術博物館、視覺藝術發展處（原“陳設技術、保存暨修復處”）。

（七）文化傳播處（原“特別計劃處”）、學術及出版處（原“研究、調查暨刊物處”，並取代“定期出版組”、“排印組”的職權）。

（八）等同於廳級的從屬機構︰澳門演藝學院、澳門檔案館（原“歷史檔案館”）。

第三，草案建議，文化局的人員編制由原來的二百一十六人增加至二百三十四人。

草案建議自二零一六年一月一日起生效。