數以千計的流浪或被遺棄的動物在市政狗房被人道毀滅，但這裡亦為不少動物提供一個找到安樂窩的機會。

人道毀滅、領養及放棄列表
民署市政狗房在民間有不少恐怖的印象，「黃金72小時」內沒有被領養的動物一律格殺勿論(人道毀滅)，而且衛生環境惡劣，收容的動物好容易染病死去，進過狗房的動物，即使有幸重出生天亦難再信任人類云云。但亦因為狗房有領養制度，為不少貓狗找到安樂窩。
狗房環境差 皆因只關注減少流浪狗數量
愛護動物協會副會長陳漢強表示，民署的職能是控制流浪動物的數量，因為人道毀滅使是最「有效」的方法，在短時間內將問題解決，因此，如何更友善地對待這些動物，並非民署最關注的問題。但這引起不少動保團體批評，並促請狗房改善環境，以及延長收容時間，好讓這些小動物爭取多一分被收養的機會，但始終成效不大。
民署書面回應稱，市政狗房收容動物的空間一直非常緊張，目前約收容了犬70隻，貓30隻，由於土地及人力資源有限，暫沒有條件擴充設施和增加人手。被民署捕獲的流浪動物倘逾72小時仍無人認領，將會被人道毀滅，但會從無主人及被遺棄的動物當中，評估其性格、健康狀況、年齡等，倘個性溫馴及適合作寵物的動物，會被留置在待領養籠舍，民署會預先為牠們進行絕育手術及注射疫苗後才讓市民領養。
民署又稱，由於狗房內動物來源多來自於流浪犬，這些犬隻多沒有進行定期免疫，容易感染狗瘟等傳染性疾病。而民署員工會定期在市政狗房進行清潔、消毒及滅蚤工作，以減少傳染病傳播。
人道毀滅停不了 全因地盤狗無監管
據民署資料顯示，每年都有數百隻貓狗被人道毀滅(如圖)，以及百多，二百隻狗貓被領養，其中狗隻佔大多數。陳漢強指出，每年有如此大量的流浪狗進出狗房，主要是因為當局一直都不願對地盤狗進行監管。他認為，如果政府有心做，可以參考香港的做法，一定面積的地盤狗隻數量要有限制，並強制絕育，而且要登記狗主，這種方法在香港行之有效。反觀澳門對此完全沒有監管，「地盤狗一年生兩胎，每胎可以有5，6隻。政府不作監管，只會衍生越來越多社會問題，以及越來越多人道毀滅。」
陳漢強表示，近年流浪狗的數目依然增加，而且被棄養的寵物狗都有不少。他認為，現時澳門民間越來越多自發組織的動保團體，可能因此令部分市民覺得「自己唔要，總會有團體接收」，所以就更肆無忌憚地棄養寵物。愛護動物協會每年都接收不少被棄養的狗仔，由於地方有限，通常都會優先接收一些受傷、幼小、缺乏自理能力的狗隻為主。其餘的只能愛莫能助，又或勸籲這些狗主先養一段時間，自己找找有否其他人願意收養。但亦曾試過很多次在無任何預告的情況下，在該會門口出現一箱幼犬，讓人感到萬般無奈。
民署︰繼續以人道毀滅及領養處理流浪狗
關於流浪狗TNR(捕捉、絕育、放回)計劃，民署認為本澳暫未有條件推行，會繼續以人道毀滅以及鼓勵領養的方法處理流浪狗的問題。民署稱，要推行有關計劃，需要考慮各項因素︰包括流浪犬傳播狂犬病的風險、公共安全、及環境衛生等，當中以狂犬病的傳播風險至為關鍵，因本澳與內地直接相連，內地仍然是狂犬病的疫區，而本澳已有近三十年未有狂犬病發生，倘本澳不嚴格控制流浪犬，會倍增爆發狂犬病的機會。一旦本澳爆發狂犬病，將嚴重危害本地的社會穩定、民生經濟、和本澳的國際形象。
民署又稱，要減少流浪動物的產生，必先要由源頭做起，由於流浪貓狗主要來源於市民棄養及不適當的飼養，因此，民署一直向市民進行「做個盡責寵物主人」宣傳教育工作，持續教育居民不要因一時衝動而養寵物、不要遺棄寵物及尊重動物生命等正確觀念，同時鼓勵市民以領養代替購買寵物，及推廣為寵物進行絕育手術。