遠東航空五月九日宣布，受到民航局飛航時數限制，六月到八月高雄澳門航班將全數取消。遠東航空公司由高雄飛澳門的航線每周有十班，這次共取消一百二十個航班。另外，遠東航空五月份還取消了部分兩岸航班，包括台北桃園機場至寧夏銀川的三個航班、台北至石家莊四個航班、高雄至成都四個航班。
島內業界透露，遠航飛機老舊，今年二月開始被民航局限制飛行時數，每個月得在一千三百小時內，五月份飛時有小幅增加至一千四百多小時，不過，民航局表示，接下來還會持續檢討，評估每月限制的飛行時數。
遠東航空表示，因應民航部門限制，今年六到八月高雄澳門航班將全數取消，由於大多數都是團客，遠東航空也已經通知旅行社，承諾將協助轉簽其他航班。台灣民航部門表示，遠東航空的飛行時數將會每月評估檢討，不過已要求遠東航空不得取消島內線航班，僅能就國際及兩岸航線調整。
由於大陸客減少和本身財務出了狀況，去年復興航空突然宣佈結業，在島內引起軒然大波。遠東航空在復興航空解散不久後，曾向興航債權銀行申請接手重整復興航空，遠東航空並以此爭取全面接收復興航空的航權。不過，即便航權爭取不如預期，遠東航空還是會做申請接手重整復興航空這件事，畢竟這件事情有公益性，董事長張鋼維表示願意來承擔這個社會責任。
遠東航空執行長曾金池表示，要接手重整興航預計要準備自有資金二十億元新台幣，其餘金額可向銀行團貸款；遠航接手興航後將會以兩間公司的方式營運，預計改名「遠東聯合航空」，預計規模也會縮小。不過，由於仍需大批員工營運，所以預計規劃接手一千名左右的興航員工，除了空服、地勤人員外，也會招募維修、機務、聯管、行政總務、財務、企畫、資訊等人員。改名之後將導入遠航飛安管理，重塑飛安文化讓消費者重拾信心，對於是否能順利接手重整也是樂觀看待。
正當遠東航空信心滿滿地準備擴張之際，兩岸關係卻逐步進入冰河時期，隨著大陸旅客大幅度減少，遠東航空也吃不住了。
今年五月初，因不滿遠航資遣十七名空服員，加上延發工資、減少飛行加給，有二十一名遠航空服員突然請假，導致四個航班臨時被取消。有媒體報導指出，遠東航空董事長張綱維表示，他積極改善遠航營運，好不容易走到今天，但這次事件讓他「感到很失望」張綱維感慨地說，他重整遠航至今八年多，歷經很多辛苦才有今天，且遠航只是一個有一百一十四名空服員的小公司，大家就像一家人，但這次事件中，卻有公司強力栽培的空服員參與抗爭，且還有空服員不向公司查證就隨意向媒體爆料。張綱維希望年輕人應多要求且提升自己，要把眼光放遠一點，遠航不僅是發展中的公司，升遷機會也多，絕不會虧待員工，多數遠航員工很珍惜公司與工作，只要大家一起努力就能讓公司變更好。
這邊廂遠東航空因空服員集體請假，導致許多班機取消，又被民航部門指出八架飛機只有十四架引擎，明顯不合規定。台灣「交通部次長」王國材表示，民航部門不容許飛安馬虎，一定會緊盯遠航。
遠航企業工會日前和被資遣的員工首度與資方協商，雙方達成六點共識，包括十七名空服員服務滿一年且合格者，可依規定調整飛行加給至二百七十二元新台幣並補足差額；十七名空服員同意在公司調查該次勞資爭議報告完畢後五日內，選擇方案決定留任或終止契約。
遠東航空內部問題還未解決，主要客源地大陸的乘客由持續減少。去年五月民進黨上台後拒不承認「九二共識」，導致兩岸交流全面受挫。八月，專做大陸遊客業務的台灣創世紀旅行社無預警倒閉；十一月，台灣復興航空宣佈全面停飛，接著宣佈倒閉解散。接著，兩岸航線佔比約五成的遠東航空也飽受陸客人數減少之苦。至於華航、長榮航空也陸續縮減兩岸航班，還針對載客率較低的航點改用座位數較少的單走道飛機來載客。
統計資料顯示，去年下半年，陸客規模縮減效應全面顯現，兩岸航班除上海、北京、深圳等黃金航線外，航空公司在其他航點都已改飛中小型飛機。面對此情此景，一名台灣學者感歎說，這只是「剛開始」而已。