三巴現違法經營公交服務
據報告所述，現行法律僅允許以「公共服務批給」方式許可私人公司經營公共巴士服務，但交局卻採用「提供服務合同」方式，導致合同帶有不符合公共利益、甚至明顯違法的瑕疵，引致條款多處矛盾及違法，更嚴重的是令三巴士公司在未獲「批給」下「違法經營」。
廉署認為，這是有法不依，「難道行政部門有超越法律的特權？」而且交局在《承投規則》訂定豁免巴士公司繳納機動車輛稅的條款，則僭越財政局局長的權限，有違法律規定，令政府陷入「違法作為」的狀態。
 

新福利澳巴舊財產處理成疑
在舊巴士服務模式下規定，批給期滿後經營巴士服務的財產歸政府所有，但交局在簽新約時，根本無提及在合同到期或失效的情況下承批公司的資產歸屬問題，局方並在回覆廉署時表示屆時會與有關公司協商解決，其處理手法明顯違背公務管理思維及原則、違反法例。
廉署還稱，調查此部份過程中，由於發現太多違法之處，已無意浪費時間去解釋這種種疑問，如當時財產歸屬如何解決？誰人作最後決定？財產清單記錄了甚麼？現時容許新福利和澳巴繼續使用有關財產又是基於何種理據？等等。
現行合同中不少條款亦帶出許多問題，包括因沒引用適用法律，導致許多屬強制性的合同條款並無訂於合同內 而不應介入的事宜，卻在合同內詳盡規管，明顯抵觸法律的規定，包括訂立利於承批方的免責條款，因「公共服務批給」合同中根本是不允許這樣做；在「提供服務合同」方式下，要求公司承擔遵守職業道德、公正、獨立、盡責、積極等義務。另交局至今仍未將合同全文登在政府公報也屬違法。
廉署認為，這種所謂巴士服務「新模式」，嚴重損害公共利益及造成公帑的不善利用，是他們在履行行政監察職能時，所發現違反法律及損害公益最嚴重的一宗個案。
 

質疑交局不能依法行政
廉署還特別重申，交局應遵守《行政程序法典》第三條合法性原則的規定， 「這是開展公共行政活動的最基本規條，連這一點都無法遵守，難以想像（當局）如何依法行政及謀求公共利益。」
這份三十七頁報告中又披露，該署是在今年五月底接獲投訴，指現有公共巴士服務存在許多不規則情況，包括「鬼巴」事件，質疑當局監管不力，令公共巴士服務問題不斷，且政府「購買」服務的做法有利益輸送之嫌，才為此展開調查。
 

蓮運破產令提前公布
原按廉署工作計劃，應在完成調查措施後才公布分析結果，但因維澳蓮運突於十月初向初院申請破產，故調整計劃，欲在不影響仍在進行的其他措施的前提下，先公布報告。而且，合同已引發兩宗訴訟，令政府處被動，可預期會引發更多其他問題。