審計署於2012年11月公佈《持續進修發展計劃》審計報告，指出4項與課程監察工作有關的審計發現，包括教青局未有貫徹執行對參與計劃機構的巡查機制；對保證金制度未作出有效監管；對於「後備報名方案」防止盜用他人資料未有建立機制；存在導師報讀自己任教課程的情況。審計署之後立項跟進上述4項審計發現的改善情況，其中仍有3項存在不足。審計署今日公佈《跟進歷年審計報告－持續進修發展計劃》衡工量值式審計報告，具體說明有關問題。
在實地巡查工作方面，審計報告指，教青局自2012年起採用機構分級制，作為往後訂定巡查次數的基礎。但當局卻對部分機構作錯誤評級，或根本從未進行巡查便直接歸類為「誠信機構」，導致有關機制未能有效運作。審計署批評當局未有嚴格按訂下的標準，對所有新參與計劃的機構進行巡查，出現有機構自始至終都沒有安排巡查。
巡查次數不符指引要求 筆錄表存明顯違規情況
審計署發現，教青局計算2019年1月的評級結果，因人為疏忽引致計算錯誤，令部分機構評級出錯。而教青局在巡查安排上，2019年2至4月期間有開辦課程的機構共292個，當中僅49個符合指引要求的巡查次數。批評執行情況明顯不理想，對實地巡查的監察上明顯存在不足。
而在巡查工作的執行方面，審計署審查共379份筆錄表中，有6份存在錯誤填寫資料的況，而其他方面則未有發現存在問題。但是教青局在審閱筆錄表的工作未有作出改善。審計署抽查了379份筆錄表的90份，發現存在明顯違規情況，與當局複核結果並不相同，反映出教青局人員有部分未有按照指引執行複核工作。
另外，教青局在欠缺學員身份資料下，難以核實出席表內是否存在他人冒簽的情況，審查亦發現仍存在導師未有按身份證式樣簽署的情況，但當局未有發現。倘若有其他人在筆錄表或出席表簽署了原申報導師的名字，按現時審查方法，當局人員亦不會對該導師簽名產生懷疑而進行核實，故現時核實機制效果並不理想。
報讀課備後備方案變常態 用同一電話號碼為47學員報名
至於後備報名方案方面，審計署指方案是在特定情況下作為插卡報讀的替代方案，但因當局未就後備方案的使用制定管理及監察措施，造成有機構恆常使用後備方案，但當局卻不知悉有關存在及作跟進。
當局雖自2019年2月起改以風險導向作抽樣，但審查發現某機構存在報讀不同課程，卻為82人次（涉學員47人及課程43個）使用同一電話號碼為學員登錄於報讀系統中。審計署指，由於電話抽訪的監察工作是根據機構在使用後備報名方案時所輸入的電話號碼聯絡學員，因此機構所登錄的電話號碼是否屬學員本人確實存疑。
課程完結拖足763日仍未上傳出席率 致保證金一直被凍結
審計署亦發現，「2017至2019年計劃」中有多達64,723人次（佔總學員人次28.9%）學員的出席率，機構在課程完結後超過7日才上傳，其中有7,034人次的出席率在課程完結後101至763日才上傳。延遲上傳將會導致已完成課程學員的保證金款項被凍結，未能讓市民及時使用。
而教青局核實學員出席率的抽查比例過低，導致監管機構填報資料真確性力度不足，反映當局改善措施未如理想。其中有12項課程共24名學員出席率不足，未達退回保證金的規定，但機構仍填報為已完成課程，符合最低出席率的要求，並退回保證金，涉款15,600元。
另外，2012年審查發現有3機構共6課程存在導師報讀自己任教課程的情況，並已全部成功開課。教青局於2013年1月已改善其系統，如發現導師報讀自己的課程，系統會即時拒絕其報名。而審計署在實地審查過程中，就導師報讀課程對系統作測試，發現不論是課程主導師或後備導師，都未能成功報讀自己任教的課程。
教青局總是強調巡查人手不足 審計署：自相矛盾
審計署在綜合評論中引述教青局指，當局總是強調巡查人手不足，但多年來計劃規模有增無減，甚至在外地不斷擴展，在無法確保制度健全及妥善執行監督工作的情況下不斷擴張覆蓋範圍，人手不足的說法顯得自相矛盾。
而計劃推出以來，不斷有教育機構以違法經營、冒簽或偽造檔、詐騙等方式以身試法，不但反映計劃的執行過程存在漏洞，更顯示這種大灑金錢、遍地開花的使用公帑方式有不足之處，持續令心存僥倖的教育機構鋌而走險。進修補助衍生出犯罪問題，始終不是政府及公眾願意見到的結果，案件亦會加重教青局及司法機關的工作負擔，消耗寶貴資源，教青局不能不正視伴隨計劃產生的一系列問題。
審計署批評，教青局在落實審計意見及建議的力度不夠，效力不彰，數以億計的公帑卻持續花費，反映相關工作的管理及執行欠缺積極而有效的檢查機制，有必要進行深入整改，再決定日後如何更好地推行計劃。