嘉靖三十三年（1554年），倭寇佔據寧波普陀，俞大猷率軍前往討伐，將士們攻至半山，倭寇突然開城門殺出來，俞大猷軍措手不及，武舉人火斌等三百人被殺，俞大猷因此獲罪，但朝廷仍讓俞大猷繼續攻打倭寇。不久之後，俞大猷在吳淞殺敗倭寇，得以免罪，並賜銀幣。而後俞大猷又擊敗攻掠健跳所的倭寇，取代湯克寬蘇松副總兵的職位。而俞大猷所領的兵力不足三百人，調集的各路兵馬尚未到來，倭寇卻有兩萬人的兵力，俞大猷寡不敵眾，在金山被倭寇擊敗，總督張經讓俞大猷出戰，但俞大猷堅守按兵不動，等到永順、保靖的援兵到來後，俞大猷才出戰，於王江涇大敗倭寇，但功勞卻歸於趙文華、胡宗憲，俞大猷因金山之敗被降職。

然而柘林倭寇雖然敗北，但新增援的倭寇乘戰船三十餘艘突襲青村所，與南沙、小烏口、浪港各處倭寇會合，進犯蘇州陸涇壩，直逼婁門，京都督周於德迅速被擊敗。倭寇於是分兵兩路，北路攻掠滸墅，南路攻掠橫塘，倭寇驅兵深入，兵勢蔓延到常熟、江陰、無錫等地，進退於太湖之中。俞大猷協助副使任環於陸涇壩大敗倭寇，焚燒倭船三十多艘，倭寇向海外逃走，俞大猷又迅速在三丈浦進行阻擊，擊沉倭船七艘。而後俞大猷又與任環在鶯脰湖擊敗倭寇，倭寇退走三板沙、嘉興等地。三板沙的倭寇搶奪當地居民的漁船打算逃跑，俞大猷率軍前往追擊，於馬跡山將倭寇擊敗，俘虜倭寇首領。金涇、許清、白茅港的倭寇見勢不妙，都乘船出海，俞大猷追擊到榮山，焚燬五艘敵船。倭寇逃到馬跡山、三板沙，官軍又追上，破壞了三艘敵船。江陰蔡港倭寇也企圖逃走，官軍在馬跡山、馬圖、寶山分別與敵作戰。正值颶風掀起，海盜船沉沒不少。柘林的倭寇亦遭官軍攻擊，擊沉船隻二十餘艘，其餘的倭寇退到岸上。稍後，又乘船向海外逃竄。俞大猷與僉事董邦政分路攻擊，俘獲敵船九艘。在大風的襲擊下，敵人又損失戰船三艘，剩下的三百人回頭登岸，逃到華亭陶宅鎮駐守，屢次擊敗趙文華所率大部官軍。入夜倭寇屯駐周浦永定寺，官軍四面合圍。此時柘林遭風暴襲擊的九船倭寇屯集於川沙窪，並糾合其他失散倭寇船隻共計四十餘艘，兵勢尚未止息。

巡撫曹邦輔彈劾俞大猷放縱敵人，嘉靖帝惱怒，剝奪其世襲特權，並說他該當死罪，令俞大猷立功贖罪。由於官軍對周浦倭寇圍攻甚急，倭寇乘夜色掩護向東北逃竄，遭到游擊曹克新的攔截，殺死敵人一百三十名，其餘倭寇遂與川沙窪的倭人匯合。各路官軍日夜攻擊，川沙窪的倭寇燒掉營地乘船出海。俞大猷帶副使王崇古入海追擊，在老鸛嘴趕上敵人，焚燬倭寇大船八艘，殺傷無數。殘餘倭寇逃往上海浦東。