黃得功早年喪父，同母親徐氏生活在一起。他年少時就有無比的勇氣，謀略過人。十二歲那年，母親有一回釀好了酒，他偷偷地給喝完了。母親責怪他，他笑著說：「賠你很容易嘛。」當時遼地軍事很急，黃得功拿了一把刀混在官軍中，跑到戰場上就斬獲了敵人兩顆頭顱，中獎賞後大概得了五十兩白銀，回家獻給母親，說：「我用這錢來彌補偷喝的酒。」從這以後黃得功給經略當了親軍，積累戰功做到了游擊。

崇禎九年（1636年），黃得功升為副總兵官，分管京師的衛戍部隊。

崇禎十一年（1638年），黃得功率領禁軍跟從總管熊文燦到舞陽去鎮壓農民軍，鏖戰在光山和固始之間，戰功最顯著。八月又隨從熊文燦在浙江的吳村和王家寨鎮壓農民軍將領馬光玉，獲得很大勝利。朝廷下詔加封他為太子太師，署總兵軍銜。

崇禎十三年（1640年），跟從太監盧九德在板石畈打敗農民軍，農民軍首領革裡眼等五營兵投降了。

崇禎十四年（1641年），以總兵的身份同王憲分別護守鳳陽和泗州的皇陵，黃得功駐軍定遠。張獻忠攻佔桐城，挾持營將廖應登到城下誘降。黃得功與劉良佐聯合兵力在鮑家嶺攻打他們，農民兵失敗而逃。追到潛山，抓獲了農民軍將領闖世王馬武、三鷂子王興國，把他們殺掉了。三鷂子是張獻忠的養子，是農民軍中號稱最勇猛的將領。黃得功在戰鬥時中箭傷了臉，反而更加努力，同賊兵轉戰十多天，所殺傷的人數最多。

黃得功每當要奔赴戰場，就喝上幾鬥酒，深入敵方軍營，不顧生死，不計利害，被稱為黃闖子。

崇禎十五年（1642年），黃得功移守廬州。農民軍攻陷廬江、鳳陽兩郡縣。黃得功奉皇命在定遠縣鎮守。當時張獻忠部暗藏在英山縣、太湖縣之間，黃得功用五千騎兵前往鎮壓他們，在石牌與他們相遇。張獻忠畏懼了，不應戰就逃跑。黃得功追上了他，不到尺把遠，就想活捉他，反而被他逃脫離開了。黃得功就接管了張獻忠所搶掠的一萬多男女，命令他們各自回到家鄉，把武器、輜重收歸朝廷。

崇禎十七年（1644年），黃得功又討伐平定叛將劉超，被封為靖南伯。同年，闖王李自成攻破北京，崇禎帝朱由檢上吊自盡，山海關總兵吳三桂引清兵入關。

同時，福王朱由崧登基為帝，開設四藩：興平伯高傑鎮守徐州、泗州，東平伯劉澤清防守淮安、揚州，廣昌伯劉良佐鎮守鳳陽、壽州，而黃得功晉為侯爵，鎮守滁州、和州。他們的家屬都在內地安置。