衛生局九月二十八日起為流感高危人士優先免費接種新一季流感疫苗，呼籲高危人士每年應在流感高峰前，儘早接種當季的流感疫苗。優先免費接種疫苗的本澳居民對象包括六個月至十八歲以下、五十歲及以上人士、孕婦、慢性病患者，肥胖人士、托兒所、幼稚園、小學、中學和高校學生及教職員、以及院舍服務使用者及工作人員、所有衛生工作者，以及在賭場工作的澳門居民。
新冠肺炎疫情未過，秋冬季又要到來，意味著流感高峰期隨時會殺到。在現時的環境中，即使爆發普通流感，也會影響衛生局對新冠肺炎疫情的防控工作。試想一下，萬一各間醫院的急診部擠滿了發燒咳嗽的病人，你怎知道誰是普通流感誰是新冠肺炎患者？目前外地新冠疫情仍然蔓延，秋冬季是呼吸道疾病高發季節，如果處理不當，會出現病人在醫院內交叉傳染，甚至傳染給醫護人員，那時就大件事了。所以，千萬不要對普通流感等閒視之，應盡量防控住所有的傳染病。為此，衛生局購入了十八萬劑本年度四價北半球季節性流感疫苗。接種流感疫苗，能有效降低新冠疫情與流感爆發疊加流行風險，減少雙重感染。
著名專家鍾南山院士不久前曾表示，在今冬明春交際時，預計新冠肺炎疫情仍不會消失，但不會像第一波疫情出現這麼大的爆發。必要時，短期的措施是需要的，如中小學停課、大學暫時不復課、航班減少這類短期措施，仍需採用強力措施控制病情不再發生。鍾南山又指出，內地大部分民眾仍缺乏免疫力，第二波疫情危機愈來愈大，當局不應對國內新冠肺炎疫情自滿，認為目前正面臨巨大挑戰，目前階段中國的抗疫形勢並不比國外一些地方更樂觀，因為沒有獲得足夠的免疫，大部分中國人仍然是新冠病毒的易感人群。廣東省重開赴澳自由行之後，省內居民赴澳人數不多，坊間認為是受到核酸檢測和簽註手續影響。然而，在新冠疫情仍然持續的情況下，無法取消核酸檢測，唯有把希望寄託在疫苗上了。中國疾控專家表示，內地民眾大概到十一月或十二月便可以接種新型冠狀病毒疫苗。如果內地和澳門居民都大規模地注射疫苗，有足夠的人群形成抗疫屏障，核酸檢測就有可能逐步取消了。
中國內地研發的新冠疫苗第三期臨床試驗進展順利，實驗人群注射疫苗後感覺良好，沒有異常。至於接種疫苗後有多長的有效期，專家仍在繼續觀察，根據以往經驗和研究結果，期望大概起效一至三年。新冠疫苗雖未正式面世，多個國家已提前大量訂購。澳門抗疫成績良好，但要真正恢復旅遊業為龍頭的經濟，還需依賴疫苗的全面接種，形成大面積人群覆蓋，才能有效地抵禦新型冠狀病毒。澳門已參與世衛組織及全球疫苗免疫聯盟的全球疫苗集體採購計劃，並去信表達參與購買的意願。
至於澳門居民何時能夠接種新冠肺炎疫苗？衛生局長較早前曾透露，局方已參與世衛和全球疫苗免疫聯盟 (GAVI) 的全球集體採購疫苗計劃，因首批疫苗生產量未必能滿足全球需求，相信屆時世衛和全球疫苗免疫聯盟會按地區及人口分配疫苗。無論是外國還是國產疫苗，只要證明成功有效，我們就要千方百計採購，盡快投入使用。澳門居民如能盡快接種新冠肺炎疫苗，形成較好的群體免疫，本地區的社會經濟活動才能迅速全面恢復正常。