蔡英文比原定的四月份提前半個月宣佈「行政院長」人選，但「內閣」成員名單卻又是以「內閣成員齊集後才統一宣佈」為由，仍是留待四月間才宣佈，其中一個原因，是「安內」大於「攘外」。因為原來的理由「攘外」，是要與馬政府「諜對諜」，避免過早宣布「內閣」成員名單而讓馬英九在政權交接中「上下其手」；而「安內」，則是針對民進黨內各派系種種暗湧，要展現有能力駕馭民進黨，尤其是馴服桀驁不羈甚至是暴衝「立委」的能力。
　　蔡英文確實是「雙管齊下」，在宣佈「行政院長」人選是林全的同時，也下令民進黨「立委」撤回宣示「兩國論」的「兩岸協議監督條例」草案。而據報導，民進黨「立委」李應元、莊瑞雄所提《兩岸協議監督條例草案》及李俊俋所提《台灣與中國締結協議處理草案》都已確定撤案。但還有民進黨「立委」蘇巧慧所提的《台灣與中國締結協議處理及監督條例》草案、及民進黨「立委」尤美女所提的《兩岸協定締結條例》草案未撤。此兩位「立委」則表示，「等看到黨版後再說」。
　　儘管如此，由於民進黨中央已經下達命令，不到蘇巧慧、尤美女抗命。尤其是《兩岸協議監督條例》是屬於兩岸關係領域的法案，與「總統」兼執政黨主席蔡英文能否兌現其「維持現狀」諾言密切相關，更關係到民進黨能否實現「長期執政」，因而蘇巧慧、尤美女多麼的想要表現自己，也不能在涉及兩岸關係及台海局勢的領域製造麻煩。因此，「等看到黨版後再說」可能只是一個維護「面子」的籍口，緩衝幾天再乖乖地撤案。畢竟，由邱太三銜蔡英文之命整合協調的黨版《兩岸協議監督條例》草案，在本週內甚至最早今天，就將交由民進黨黨團提交「立法院」。
　　蘇巧慧要為父親蘇貞昌出頭「突襲」蔡英文，首戰失利，並不甘心。既然在涉及兩岸關係的領域「出招」確實是有「製造麻煩」之嫌，那就退而求其次，「東方不亮西方亮」，「堤外損失堤外補」，改為在無關兩岸關係的領域，暗中挑戰蔡英文好了。
　　實際上，由蘇巧慧草擬並領銜，有二十四名民進黨「立委」連署提案的《〈立法院職權行使法〉第六十九條修正案》，就狠狠地「將」了蔡英文一「軍」。因為她接過蔡英文「國會改革」訴求中「議長中立化」的口號，卻要把「立法院」正副院長驅趕出朝野黨團協商，讓蔡英文親自欽點的「立法院長」蘇嘉全成為「空頭院長」，卻反過來讓被蔡英文熄滅其「院長夢」的民進黨黨團總召柯建銘，在朝野黨團協商領域成為真正掌握實權的「地下院長」。
　　一九九九年一月十二日「立法院」制定了《立法院職權行使法》，其中第十二章是「黨團協商」，共有八個條文。這些明文規定為協商議案或解決爭端事項，得由「院長」或各黨團向「院長」請求進行黨團協商，將協商機制予以明文化，並使又稱「朝野協商」的黨團協商進入法制規範。
　　依《立法院職權行使法》第六十九條第一項規定：「黨團協商會議，由院長、副院長及各黨團負責人或黨鞭出席參加；並由院長主持，院長因故不能主持時，由副院長主持。」實務上，有關議案的協商，遇有必要時，立即進行協商。依《立法院職權行使法》第七十條規定，議案交由黨團協商時，由該議案的「院會」說明人（通常為主審委員會的最後一次主持該案的主席）所屬黨團負責召集，由各黨團指派代表二人（需經各該黨團書面簽名）參加，該「院會」說明人為當然代表，並由其擔任協商主席。各黨團指派的代表，其中一人應為審查會委員。但黨團所屬委員均非審查會委員時，不在此限。另依同法第六十八條第二項提出異議的委員，得向負責召集的黨團，以書面簽名推派出人列席協商說明。同法第七十一條規定：「黨團協商經各黨團代表達成共識後，應即簽名，作成協商結論，並經各黨團負責人簽名，於院會宣讀後，列入紀錄，刊登公報。」議案自交黨團協商逾四個月無法達成共識者，由「院會」定期處理。黨團協商結論於「院會」宣讀後，如有出席委員提議，十五人以上之連署或附議，得對其全或一部提出異議部份表決。黨團協商結論經「院會」宣讀通過，或就異議議決結果，出席委員不得再提出異議；逐條宣讀時，亦不得反對。
　　誠然，「黨團協商」制度確實是有其不合理之處，其中最遭人詬病的有以下三點：其一、是政黨利益高於專業利益，「立法院」的八個委員會是專業委員會，但其所作的專業意見往往會在黨團協商中遭到否定或修改；其二、是「少數挾持多數」，因為只要有一個黨團不同意，縱使只是由三位「立委」組成的黨團，就可以使由其餘一百一十二位「立委」產生的其他黨團束手無策，無法達成黨團協商，違反多數決的民主原則；其三、「密室政治」，專業委員會是公開進行，電視台可以全程直播，而黨團協商則是秘密進行，不排除有交換政治利益情事。
　　因此，黨團協商制度確實是應當改革，但改革方向是回歸專業化，強化各專業委員會的功能，即使是有必要進行黨團協商，也應當採多數決及透明化。
　　而蘇巧慧的修正案，卻改成「黨團協商會議，由各黨團負責人或幹部出席參加；並由最大黨團負責人主持，最大黨團負責人因故不能主持時，由最大黨團幹部主持。」 也就是說，不但要保留黨團協商的各種弊端，而且還要剝奪「立法院」正副院長的主持甚至是參與協商，而是由最大黨團的總召主持。
  　新一屆「立法院」的最大黨團是民進黨，其負責人是「永遠的總召」柯建銘，幹事長則是本案連署人之一的吳秉叡，書記長是柯建銘協調出來的陳亭妃。倘該案獲得通過，對民進黨黨內外都不利。對內，是排擠由蔡英文欽點的蘇嘉全，「英派」無立足之地，削弱蔡英文和黨中央在「立法院」的影響力；對外，是讓民進黨在行使多數暴力時，可以壓縮小黨的空間。
　　因此，此案最大受益人是柯建銘，也就可以被視為是蘇嘉全與柯建銘「立院龍頭戰」的「延長賽」。表面上是蘇巧惠要為柯建銘「討回公道」，向「院長」奪權，奪回柯建銘原本想要的權，做「不是院長的院長」，使得蘇嘉全只能在「院會」敲法槌；實質上卻是代表其父親蘇貞昌向蔡英文「反攻倒算」，給蔡英文一個「下馬威」。
　　想不到蘇巧慧年紀輕輕，卻如此「宮心計」。但卻也有人因此而認為，其實這條「喬」根本上就是由蘇貞昌「度」出，將蔡英文原意是「院長」主持會議時要保持中立的「議長中立化」，偷渡為「院長排除化」或「院長空權化」，正是「打著紅旗反紅旗」的絕招。